In der rund 4,5 Kilometer langen Rheinschlinge rund um Rheinau fliessen seit 1957 meist nur 5 m3/s Restwasser. Dies sind weniger als 1,5 Prozent des natürlichen, mittleren Abflusses des Rheins an diesem Standort. Gemäss einem Gutachten der Eidgenössischen Kommission für Denkmalpflege und der Eidgenössischen Natur- und Heimatschutzkommission müsste der Abfluss auf mindestens 150 m3/s erhöht werden, um die gesetzlichen Vorgaben für das BLN-Gebiet zu erfüllen. Laut Gewässerschutzgesetz hätte diese sogenannte «Restwassersanierung» bis spätestens 2012 erfolgen müssen.
Um die durch die ausbleibende Restwassersanierung bereits verursachten Schäden auszugleichen, fordern die genannten Organisationen die Schaffung eines Naturschutzfonds, mit dem Gemeinden und Kantone bei Revitalisierungsprojekten in der Region unterstützt werden. Gespeist werden soll der Fonds durch den zusätzlichen Gewinn, welchen das Kraftwerk Rheinau durch die nicht erfolgte Restwassersanierung seit 2012 erzielte. Auf diese Weise könnte der Hochrhein ein Stück seiner Natürlichkeit zurückgewinnen. Denn neben dem Kraftwerk Rheinau beinträchtigen zehn weitere Wasserkraftwerke die Lebensräume von Nase, Äsche und Co zwischen Schaffhausen und Basel. Der geringe Abstand zwischen den Kraftwerken von häufig weniger als zehn Kilometern führt dazu, dass die Stauwurzeln oftmals bis and die nächste oberhalb liegende Staustufe reichen. Der einst stolze Fluss Rhein hat so weitgehend seinen Fliesscharakter verloren und ähnelt mehr einer Kaskade von Stauseen.
Der Zustand in der Rheinschlaufe bei Rheinau ist seit langem desolat. Das geringe Restwasser und die insgesamt drei Stauwehre führen zum Verlust der charakteristischen Gewässerdynamik, ungewöhnlich hohen Wassertemperaturen sowie einer Beeinträchtigung von Fischen und des Makrozoobenthos – also der kleinsten Lebewesen im Gewässer, die am Beginn der Nahrungskette stehen. Vom Aussterben bedrohte, charakteristische Fischarten des Flussabschnitts sind dadurch bereits fast vollständig verschwunden beispielsweise die Nase, Äsche und Flussforelle.
Aqua Viva, der Fischereiverein Rheinau und der Schweizerische Fischerei-Verband sind unter der Voraussetzung einer zeitnahen Restwassersanierung des Kraftwerks Rheinau bereit, die geäusserten Ideen mit den Verantwortlichen von Bund, Kantonen und des Kraftwerks zu diskutieren und gemeinsam nach Wegen zur Verbesserung der Situation rund um das Kraftwerk Rheinau zu suchen.